L’actuelle basilique Saint-Pierre est dotée d’un niveau inférieur appelé "les grottes vaticanes" où sont enterrées de nombreux papes. Le niveau du sol de ces grottes correspond à peu près à celui de la première basilique, édifiée par l’empereur Constantin au IVe siècle. À sa mort en 1939, Pie XI manifeste le désir d’être enterré dans ces grottes, à côté de Pie X. Malgré l'exiguïté de l’endroit, le nouveau pape Pie XII est désireux de respecter les dernières volontés de son prédécesseur. Il décide alors de faire abaisser le pavement des grottes, afin d’élargir l’espace dédié au futur mausolée. En opérant les travaux, les ouvriers découvrent sous le pavement un espace vide où l’on distingue les vestiges d’un édifice funéraire. C’est ainsi qu’apparaît un troisième niveau, celui d’une vaste nécropole romaine.
Dès la fin du Ier siècle, les sources chrétiennes évoquent le martyr de Pierre à Rome : son arrestation et sa mise à mort ont lieu sous Néron, après l’incendie qui ravage l’Urbs en 64.
Pie XII s’est toujours intéressé à l'archéologie chrétienne, y voyant, à raison, une excellente manière de rendre vivants les écrits de l’époque proto-chrétienne. Il ordonne alors de poursuivre les recherches et lance des fouilles archéologiques avec les meilleurs spécialistes, archéologues et exégètes travaillant de concert. En tout, ce sont deux campagnes de fouilles (1940-1947 et 1953-1957) qui permettent d’explorer, sous la basilique, une des nécropoles romaines les plus riches et les mieux conservées, datant des Ier et IIe siècles de notre ère. Les archéologues mettent au jour vingt-deux tombeaux de belle envergure, ainsi que des centaines de tombes plus petites, de part et d’autre d’une ruelle étroite. Mais la découverte la plus spectaculaire, celle qui, depuis lors, suscite attention historique et dévotion religieuse, est bien sûr la découverte de la tombe de saint Pierre. En effet, les archéologues exhument, directement sous le grand autel du Bernin, les restes d’un petit monument funéraire édifié au milieu du IIe siècle et qui se révèle être, selon toute probabilité, la tombe du premier pape.
Enterrer les martyrs non loin de leur supplice
Dès la fin du Ier siècle, les sources chrétiennes évoquent le martyr de Pierre à Rome : son arrestation et sa mise à mort ont lieu sous Néron, après l’incendie qui ravage l’Urbs en 64. Les Actes de Pierre, texte apocryphe, relate la crucifixion de l’apôtre, tête en bas, dans le cirque de Caligula, qui vient d’être restauré par Néron. Ce cirque est situé à l’extérieur de Rome, au pied de la colline du Vatican, sur laquelle s’étend un vaste cimetière où se côtoient des tombes païennes et chrétiennes. Nul doute que la communauté chrétienne de Rome ne soit venue chercher le corps de Pierre pour l’ensevelir dignement, ainsi que l’autorise le droit romain après une exécution. À cette époque, les chrétiens ont l’habitude d’enterrer les martyrs à proximité immédiate du lieu de leur supplice, sans doute pour rendre la mémoire des lieux plus aisée à transmettre. D’autre part, ils sont encore attachés à la loi juive qui prescrit que les défunts doivent être enterrés le plus rapidement possible. Ainsi, Pierre fut certainement, tout comme le Christ, enterré dans le cimetière le plus proche du lieu de son exécution, sur un emplacement appartenant à un chrétien.
La basilique constantinienne a bien été édifiée sur et autour de la tombe de Pierre. Les hommes de la Renaissance, au moment de la reconstruction de la basilique, ont parfaitement respecté la croyance populaire, sans avoir pourtant aucune preuve matérielle.
La première mention parvenue jusqu’à nous qui évoque la tombe de Pierre sur la colline du Vatican date des environs de l’an 200. On la trouve dans une lettre envoyée par le prêtre Gaius à un certain Proclus. Il explique que les apôtres Pierre et Paul sont enterrés tous deux à Rome, le premier au Vatican, le second sur la route d’Ostie : "Je peux évidemment te désigner les trophées des Apôtres. Si tu veux aller au Vatican ou sur la route d’Ostie, tu trouveras les trophées de ceux qui ont fondé l’Église romaine." Dans ce texte, le mot trophée désigne le monument construit sur la tombe, monument qui représente la récompense du martyr, la victoire de la vie éternelle sur la mort. Comme nous l’explique Christophe Dickès dans son excellente biographie de saint Pierre, le texte de Gaius et le monument découvert sous la basilique viennent se confirmer l’un l’autre, et viennent ajouter foi à la tradition de l’Église, elle-même issue d’une très longue transmission orale et écrite qui remonte au premier siècle.
Mais l’histoire ne s’arrête pas là. Un jour de 1941, Mgr Kaas, l’un des responsables du chantier de fouilles, effectue sa ronde quotidienne en compagnie du chef des ouvriers. Par respect pour les défunts, Mgr Kaas est particulièrement attentif à ce que les très nombreux ossements humains mis au jour soient recueillis et pieusement conservés. Ainsi, chaque lot d’ossements est soigneusement enregistré et consigné dans une petite caisse individuelle. Tout en faisant le point sur les travaux de la journée, les deux hommes découvrent des ossements humains dans une sorte de cavité secrète, ou loculus, creusée sur l’un des murs du petit monument funéraire bien connu désormais, et que tout le monde appelle trophée de Gaius. Cette cavité attire l’attention car elle est tapissée de plaques de marbre. Mgr Kaas recueille précieusement la centaine d’os humains et les déposent dans une caisse numérotée, qui va ensuite rejoindre les autres caisses dans une remise. Puis elle est oubliée pendant plusieurs années.
Un coup de tonnerre
Lors de la seconde campagne de fouilles, une épigraphiste ressort la caisse et envoie les ossements au laboratoire. Leur analyse dévoile qu’ils appartiennent à un seul individu masculin, de constitution robuste malgré son arthrose, âgé de 60 à 70 ans au moment de sa mort. Cette description pourrait parfaitement correspondre à celle de Pierre. Parallèlement à ces analyses, l’épigraphiste relève sur le mur du loculus une inscription en grec Petro Eni qui peut se traduire par Pierre est ici ou bien Pierre repose en paix. Ces découvertes résonnent comme un coup de tonnerre dans le monde scientifique et dans le monde chrétien : les archéologues estiment avoir trouvé, non seulement la tombe de saint Pierre, mais aussi sa sainte dépouille.
Désormais honorées à Rome et à Constantinople, ces reliques constituent un lien historique fort entre catholiques et orthodoxes.
Ainsi, les découvertes archéologiques, les conclusions architecturales et les analyses biologiques concordent avec le témoignage scripturaire de Gaius. Mais, plus simplement encore, l’ensemble de ces travaux et de ses recherches concordent avec la Tradition de l’Église. La basilique constantinienne a bien été édifiée sur et autour de la tombe de Pierre. Les hommes de la Renaissance, au moment de la reconstruction de la basilique, ont parfaitement respecté la croyance populaire, sans avoir pourtant aucune preuve matérielle. Et, des siècles plus tard, on a retrouvé le vénérable tombeau à l’aplomb même de la coupole de Michel-Ange et de l’autel du Bernin.
Les reliques du saint apôtre et premier pape sont exposées pour la première fois à la vénération des fidèles en 2013. Six ans plus tard, le pape François, dans un profond geste d’unité, offre une partie des reliques de saint Pierre au patriarche Bartholomée. Désormais honorées à Rome et à Constantinople, ces reliques constituent un lien historique fort entre catholiques et orthodoxes.
