Tout ce qui se dit entre le prêtre et son interlocuteur lors du sacrement de réconciliation doit rester entre eux et Dieu. Ce moment, qui nécessite une grande confidentialité, a obligé l’Église à réfléchir à l'aménagement d'espaces discrets pour permettre au fidèle de parler librement au prêtre. C'est ainsi que l'on trouve dans les églises des sortes d'isoloirs clos, que l'on appelle confessionnaux, dans lesquels se placent le prêtre et le fidèle pour échanger en toute discrétion.
Si la confession a d'abord été un acte public, réservé aux fautes les plus graves, elle devient privée vers le VIe siècle. C'est au XIIIe siècle que le concile de Latran insiste sur la nécessité d'une confession régulière, au moins annuelle, avant la communion pascale. On attribue à saint Charles Borromée la création du confessionnal en forme d'isoloir clos, après le concile de Trente, en 1545.
Le confessionnal est habituellement composé d'une loge, fermée par une porte ou un rideau, réservée au prêtre qui s’assoit à l'intérieur. Cette loge peut comporter, de part et d'autre, un compartiment muni d'un prie-Dieu sur lequel vient s'agenouiller le fidèle qui vient se confesser. Une grille sépare sépare le prêtre et le fidèle pour permettre d'assurer l'anonymat de ceux qui viennent se confier à lui. Un portillon, placé derrière la grille, peut être ouvert ou fermé par le prêtre, qui n'écoute évidemment qu'une personne à la fois.
Suivant les usages locaux, les confessionnaux peuvent être plus ou moins ornés, mais ils sont le plus souvent en bois. Sauf lorsqu'ils sont intégrés dans l'architecture même de l'église.
Depuis le concile de Vatican II, les confessionnaux en forme d'isoloir sont de moins en moins utilisés même s'ils sont toujours en usage. En effet, on encourage davantage les confessions en face-à-face. Si le fidèle le souhaite, il peut ainsi simplement s'asseoir en face du prêtre pour se confesser ou s'agenouiller sur un prie-Dieu.
Une séparation entre pénitent et confesseur peut être cependant maintenue pour préserver l'anonymat. Un simple séparation, plus légère, remplace alors les grands confessionnaux anciens. Il est en effet important que le fidèle puisse choisir sous quelle forme se déroule la confession afin qu'il reçoive le sacrement de réconciliation dans de bonnes conditions.
Lors des JMJ de Madrid, 200 confessionnaux blancs en forme de voile de bateau ont ainsi été installés dans un parc de la ville, modernisant résolument leur image. L'essentiel est que chacun se sente écouté et pardonné, quelle que soit la forme du confessionnal.
