Multiplier les protocoles d’accord entre les diocèses et les parquets figure parmi les recommandations formulées par la Commission Sauvé dans son rapport. Il est crucial de "souligner auprès de l’ensemble des évêques l’intérêt des protocoles […] sur la dénonciation des infractions sexuelles portées à la connaissance de l’archevêché et la transmission des informations relatives aux suites judiciaires de cette dénonciation", souligne ainsi la commission. Une recommandation déjà mise en place dans 17 diocèses de France, précise la Conférence des évêques de France (CEF), afin de faciliter et d’accélérer le traitement des signalements pour tout fait dénoncé. La généralisation de ces protocoles figure d'ailleurs parmi les chantiers prioritaires de l'épiscopat dans sa lutte contre les abus sexuels commis au sein de l'Église.
En septembre 2019 Mgr Michel Aupetit, l’archevêque de Paris, et Rémy Heitz, procureur de la République de Paris, ont signé un protocole d’accord relatif à la transmission au parquet des signalements d’infractions de nature sexuelle. Ce texte prévoit que toutes les dénonciations d’infractions sexuelles paraissant vraisemblables soient transmises au parquet de Paris par la voie d’un signalement, sans qu’il soit nécessaire que la victime ait au préalable déposé plainte. Ces signalements, plus rapides et plus systématiques par les autorités diocésaines, permettent au parquet de caractériser, s’il y a lieu, les infractions qui auraient pu être commises, ou à l’inverse, de lever les doutes subsistants.
Dans la même veine, fin novembre 2019, les diocèses de Valence, Grenoble et Gap ont également signé un protocole avec la cour d’appel de Grenoble relatif au signalement et au traitement des dénonciations d’infraction de nature sexuelle reçues par les évêques. C’est dès novembre 2018 que le procureur général près la cour d’appel de Grenoble, Jacques Dallest, a pris contact avec les trois évêques des diocèses dont le territoire correspond à son ressort. "Nous en avons accepté le principe et avons entamé le travail sur une proposition de base faite par le procureur général", a expliqué Mgr Xavier Malle, évêque de Gap et Embrun, en novembre 2020. "Après six versions successives, nous sommes tombés d’accord. Nous en avons tenu au courant notre clergé par une lettre signée des trois évêques et avons signé le protocole le 22 novembre 2019".
L’intérêt de telles conventions est multiple. Il permet déjà une plus grande précision dans les procédures diocésaines et une plus grande rapidité du côté de la justice. Il y a également "une obligation de retour d’information de la part de la justice. C’est important pour les victimes, et pour les auteurs présumés", détaille Mgr Malle. Enfin, ce type de protocole permet d'inscrire les échanges d'informations dans la durée, alors que les procureurs et les évêques peuvent changer. Chacun est engagé par ce qui a été signé par ses prédécesseurs.
En janvier 2020, le diocèse de Strasbourg a lui aussi signé un protocole avec les quatre procureurs d'Alsace dans lequel il s'engage à signaler systématiquement les infractions sexuelles. Mais il a également passé deux conventions avec les Hôpitaux universitaires de Strasbourg (HUS) pour la prise en charge des victimes, ainsi que celle des auteurs de violences sexuelles.
