29 juillet 1904, la crise diplomatique entre la France et le Vatican atteint son paroxysme. L'ambassadeur de France près le Saint-Siège est rappelé. Ce divorce spectaculaire est l'aboutissement d'un grand nombre de tensions entre l'Église et la IIIe République qui remontent au moins aux années 1880. À cette époque, alors que le Concordat de 1801 régit encore les rapports entre l'Église et l'État, le gouvernement français fait voter une première série de lois laïques portant sur l'enseignement. Pour la jeune République, l'enseignement public ne doit plus se référer à la religion. C'est une première salve contre l'Église et ses congrégations religieuses qui ont alors un rôle prépondérant dans l'éducation.
Les années passent et la pression s'accroît. En 1901, le gouvernement français subordonne l'existence des congrégations à des autorisations législatives. "En 1902, après la victoire des radicaux socialistes aux législatives, il devient quasiment impossible de fonder une congrégation en France", explique l’historien Jean Vavasseur-Desperriers.
Plus encore, les fonctionnaires du ministère de l’Intérieur épluchent les dossiers des congrégations existantes et suppriment celles qui n’ont pas fait leur demande de reconstitution à la date prévue par la loi. On assiste aux fameuses expulsions des religieux. En 1904, avec le célèbre “petit Père Combes”, ancien séminariste devenu un homme politique très anticlérical, plus aucun congréganiste n’a le droit d’enseigner.
Cette même année, alors qu'une loi sur la séparation de l'Église et de l'État se prépare, un événement diplomatique va finir d'achever les relations. À la toute fin du XIXe siècle, un début de rapprochement s'était opéré entre la France et le jeune Royaume d'Italie. Cette nouvelle donne a évidemment des répercussions sur les rapports entre la France et le Saint-Siège, ce dernier ne digérant toujours pas s'être vu dépossédé de ses États et de sa ville de Rome par les troupes italiennes.
En avril 1904, le président Émile Loubet entame un voyage en Italie et rencontre à Rome le roi Victor-Emmanuel III. Affront supplémentaire pour la papauté : le chef de l'État Français est reçu au Palais du Quirinal, ancienne résidence papale. Le Vatican, qui perçoit cette visite comme une provocation, ne dit rien de sa colère. Mais officieusement, le Secrétaire d’État de Pie X, le cardinal Merry del Val, laisse entendre son agacement. Son irritation est révélée dans la presse anticléricale française et provoque un tollé. Quelques semaines plus tard, l'ambassadeur de France près le Saint-Siège est rappelé à Paris. La rupture est consommée.
Le vote de la loi de séparation des Églises et de l'État en 1905 continuera d'exacerber les tensions entre Rome et Paris. Le pape Pie X publiera trois encycliques pour condamner la loi de séparation : Vehementer nos et Gravissimo officii en 1906 et Une fois encore – une encyclique rédigée en français – en 1907.
