Après deux semaines d’examen par le Sénat, le projet de loi confortant le respect des principes de la République a bien changé. Les sénateurs se sont notamment opposés au régime d’autorisation que l’exécutif souhaite instituer : « L’encadrement du recours à l’instruction en famille remet en cause, de notre point de vue, la liberté d’enseignement, qui repose sur l’école publique, l’école privée sous ou hors contrat et l’instruction en famille », a défendu lors des débats le rapporteur Stéphane Piednoir (LR).
Ce dernier s’est par ailleurs interrogé « sur le lien véritable entre séparatisme et instruction en famille, soulignant que le ministère n’a mené aucune étude véritable ». Il n’empêche que le ministre de l'Éducation nationale Jean-Michel Blanquer a fermement défendu le nouveau régime d'autorisation, affirmant que ce qui est visé, c'est "l'IEF dévoyée qui sert le séparatisme".
Les sénateurs ont néanmoins souhaité maintenir de nouvelles obligations pour les familles comme celles d’une déclaration à chaque rentrée scolaire ainsi qu’une déclaration de changement de résidence ou de responsables. D’autres amendements votés visent à imposer, par exemple, un délai limite pour faire la déclaration, ou portent sur l’engagement des familles à pratiquer l’instruction majoritairement en français.
Toujours en matière d’éducation, les sénateurs ont introduit dans le texte l'interdiction du port du voile pour les personnes accompagnant les sorties scolaires et la possibilité d’interdire dans le règlement intérieur d'une piscine le port du burkini. Le Sénat a aussi souhaité interdire l'exercice du culte dans l'ensemble de l'enceinte des établissements publics d'enseignement supérieur, en excluant les aumôneries. Le Sénat a enfin adopté un amendement de dernière minute du gouvernement prévoyant que le préfet peut s'opposer à l'ouverture d'un établissement privé "pour des motifs tirés des relations internationales de la France ou de la défense de ses intérêts fondamentaux".
