Du sacre de Charlemagne par le pape Léon III, on peut encore admirer à l’entrée de l’édifice actuel, la plaque circulaire de porphyre, où l’empereur s’est agenouillé pour recevoir la couronne des mains du pontife. Ce que l'on sait moins, c'est que 365 ans jour pour jour après son sacre au Vatican, Charlemagne est canonisé en l’an de grâce 1165 par l’Église catholique. Seul détail : à l’origine de cette décision figure Pascal III, un anti-pape désigné et manipulé par l’empereur germanique Barberousse.
En 1179, le troisième concile du Latran révoque toutes les décisions du faux pontife, mais trop tard, le culte du "quasi-saint" empereur se répand en Europe, en particulier à Aix-la-Chapelle où ses reliques sont enchâssées. Son culte s’est ainsi étendu au fil des siècles avant d’être stoppé net au XVIe siècle.
Un jour férié sous Louis XI
C’est d’abord le roi de France Charles V le sage (1338-1380) lui-même qui élève Charlemagne à la gloire des autels de son royaume. À tel point qu’il veut en faire ni plus ni moins le saint patron de la maison royale au même titre que saint Louis. Sainte Jeanne d’Arc en personne aurait quant à elle dit au roi Charles VII : "Saint Louis et saint Charlemagne sont à genoux devant Lui, faisant sa prière pour vous". Le culte en France atteint son paroxysme pendant le règne de Louis XI qui décide de fêter la saint Charlemagne le 28 janvier et de faire de cette journée un jour férié célébré comme un dimanche.
En 1661, l’université de la Sorbonne le choisit comme patron bien que son culte ne soit plus intégré dans la liturgie depuis un siècle. Le cardinal Prospero Lambertini, futur pape Benoît XIV, estime que "rien ne s’oppose à ce que le culte de Charlemagne soit célébré dans les églises particulières", lui accordant même le titre de bienheureux. L’extension du culte est toutefois définitivement limité par le pape Pie IX en 1850. Le culte de Charlemagne a été toléré en raison de sa réputation de grand bienfaiteur de l'Église. Il s’intitule même "défenseur et l’auxiliaire de la sainte Église dans tous ses besoins" tant il rend aux papes les plus grands honneurs et respecte leur autorité.
